وانطلاقا من الرغبة في تحسين وتجويد الأعمال أنشأ المعهد عدداَ من المراكز التدريبية المتخصصة ومنها:
- مركز التأهيل والتدريب للقطاع الخاص.
- مركز الرقابة والحسبة.
- مركز تنمية القيادات والقدرات الإدارية.
- مركز تمكين.
- مركز التطوير المهني الصحي والترميز الطبي.
- مركز التدريب المهني التعليمي.